Die älteste Angabe über eine Orgel in der Kirche des ehemaligen Klosters Wedinghausen findet sich auf einem Aktenstück aus dem Jahre 1572. Danach wurde in jenem Jahre in der Klosterkirche ein "organum" gebaut; der Chronist sagt "in pauperitate", d. h. obwohl die Mönche damals in Armut lebten und die wirtschaftliche Lage des Klosters nicht gerade günstig war. Im Jahre 1583 wurde diese Orgel durch die Truppen des Gebhard Truchseß bei dem Klostersturm heruntergerissen. Infolge der großen Schäden, die das Kloster durch die Bilderstürmer erlitten hatte - es waren u.a. sämtliche Zellen erbrochen und geplündert, alle Wertgegenstände geraubt, Bilder und Gemälde zerrissen - konnte in den folgenden Jahren zunächst nicht an einen Ersatz der zerstörten Orgel gedacht werden.
Wie eine Eintragung in der Jahresrechnung von 1606 nachweist, stiftete die Stadt Arnsberg trotz ihrer vielfachen Sorgen und Nöte nach dem großen Brande von 1600 zehn Taler zum Bau einer neuen Orgel, die im Laufe der nächsten Jahre errichtet wurde. Das genaue Baujahr lässt sich nicht feststellen. Das Orgelwerk hatte nach seiner Vollendung 18 klingende Register und diente zur Begleitung des Chorgesangs der Mönche, Es hing in Form eines "Schwalbennestes" am äußersten Ende der südlichen Kirchenwand, also da, wo heute das steinerne Grabmal Friedrichs von Fürstenberg steht. Der Organist konnte den Altar nicht sehen, er musste die hl. Handlung bei der Messe an der Haltung der Mönche verfolgen, deren Chorgestühl sich in der Kirche unterhalb des hohen Chores befand.
Das eben erwähnte Grabmal wurde im Jahre 1680 errichtet. Dadurch wurde eine Verlegung der Orgel notwendig. Man versetzte sie ein Joch weiter nach Westen und zwar vor das südliche Radfenster, das einem gleichen Fenster in der Nordwand gegenüberliegt. Diese Orgel besaß ein Barockgehäuse, das an der Vorderseite das Wappen derer von Fürstenberg trug. Es war außerdem geschmückt mit neun Apostelfiguren, Teilstücke eines spätgotischen, von Peter von Kolshusen geschaffenen Hochaltars. Das Orgelwerk wurde 1777 gründlich ausgebessert und um 3 Register vergrößert. Es hat danach noch über 100 Jahre seinen Dienst getan.
1885 trat eine neue Orgel an seine Stelle, erbaut von der Paderborner Firma Franz Eggert. Diese Orgel hatte 27 Register und bekam ihren Platz auf einer neu errichteten Bühne, die von der Südwand der Kirche bis an die beiden ersten Pfeiler des Mittelschiffs vorgezogen wurde. Diese Empore mitsamt dem Orgelprospekt im neugotischen Stile störte die Geschlossenheit des Raumes und hinderte den Durchblick auf den von Meister Gröninger geschaffenen, kunstvollen Kreuzaltar, der jetzt Hochaltar ist.
Geschichte der Orgeln seit dem 20. Jahrhundert
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